Μπεκρής Φώτιος

ΣΧΟΛΗ ΘΕΤΙΚΩΝ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΠΙΣΤΗΜΩΝ

TMHMA ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ

Υποψήφιος Διδάκτωρ

Μπεκρής Φώτιος

Τίτλος Διδακτορικής Διατριβής

Εδαφική μικροβιακή ποικιλότητα και βλάστηση σε μεσογειακά οικοσυστήματα

Επιβλέποντες

Επιβλέπων Καθηγητής : Πυρίντσος Στέργιος

Μέλη Επιτροπής :

(1) Πυρίντσος Στέργιος

(2) Πανόπουλος Νικόλαος

(3) Κοτζαμπάσης Κυριάκος

Στοιχεία Διατριβής

Έναρξη Διδακτορικής Έρευνας : 10/02/2011

Ημερομηνία Ολοκλήρωσης Διδακτορικής Διατριβής: 31/10/2015

Εγκεκριμένος Π/Υ: 45.000

Περίληψη

Οι μικροοργανισμοί του εδάφους αποτελούν τον αθέατο κόσμο των χερσαίων οικοσυστημάτων και θεωρείται ότι αντιπροσωπεύουν ένα σημαντικό και μεγάλο κομμάτι της γενετικής ποικιλότητας της Γης. Πολλές από τις διεργασίες που επιτελούν καθορίζουν σε μεγάλο βαθμό την δομή, την λειτουργία καθώς και την σταθερότητα των χερσαίων οικοσυστημάτων. Παρά το σημαντικό ρόλο που τους έχει αποδοθεί εν τούτοις η γνώση μας για αυτούς καθώς και για το λειτουργικού τους χαρακτήρα παραμένει περιορισμένη εξαιτίας των δυσκολιών που παρουσιάζει η μελέτη τους σε σχέση με άλλες κατηγορίες οργανισμών. Οι δυσκολίες αυτές οξύνονται περισσότερο όταν η μελέτη τους τοποθετείται σε φυσικά οικοσυστήματα της Μεσογειακής λεκάνης στα οποία η ετερογένεια, η πολυπλοκότητα καθώς και η γεωγραφική κατανομή είναι αρκετά μεγάλη. Επιπροσθέτως, ο ιδιαίτερος φυτικός πλούτος της Μεσογείου (≈52% ενδημικά είδη) αποτελεί έναν ακόμη σημαντικό παράγοντα παραλλακτικότητας αναλογιζόμενοι την στενή συνύπαρξη και αλληλεπίδραση φυτών-μικροοργανισμών. Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η μελέτη των προτύπων χωρικής κατανομής της γενετικής ποικιλότητας των μικροβιακών κοινοτήτων (βακτηρίων, αρχαίων) σε Μεσογειακά οικοσυστήματα της Κρήτης, και η περαιτέρω συσχέτιση με χλωριδικά και εδαφολογικά δεδομένα. Ο πειραματικός σχεδιασμός βασίστηκε στην κατάταξη των υπό μελέτη οικοσυστημάτων σύμφωνα με το σχήμα οικοτόπων NATURA 2000, και περιελάμβανε 11 φυσικές περιοχές. Η μεθοδολογία που χρησιμοποιήθηκε βασίστηκε στις τεχνικές T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Polymorphism), Real-Time PCR, Sager βιβλιοθήκες κλώνων και PhyloChip (G3) (φυλογενετικές μικροσυστοιχίες τρίτης γενεάς) χρησιμοποιώντας ως μοριακούς δείκτες τα γονίδια 16S rRNA και amoA βακτηρίων και αρχαίων. Από τα αποτελέσματα προέκυψαν χωρικές διαφοροποιήσεις στην ποικιλότητα των μικροοργανισμών και αναδείχθηκε το πρότυπο μεταβολών που ακολουθείται σε σχέση με τους παράγοντες που εξετάστηκαν.

Λέξεις κλειδιά

μικροβιακή ποικιλότητα, βλάστηση, μεσογειακά οικοσυστήματα

Παραδοτέα - Δημοσιεύσεις

1)  Μπεκρής Φ., Πυρίντσος Σ. (2012). Αρχαiα και οξεiδωση της αμμωνίας σε Μεσογειακά χερσαία οικοσυστήματα. Διημερίδα ‘Ηράκλειτος ΙΙ’. Αίθουσα “Μαρία Μανασσάκη” - Φοιτητικό Κέντρο Ηρακλείου. 4-5 Δεκεμβρίου, Ηράκλειο, Κρήτη. (poster)

2)  Μπεκρής Φ., Πυρίντσος Σ. (2012). Mελέτη της ποικιλότητας νιτροδωποιητικών μικροοργανισμών σε Μεσογειακά χερσαία οικοσυστήματα. 5˚ Πανελλήνιο Συνέδριο της Επιστημονικής Εταιρίας Μικροβιόκοσμος «Ο Μικροβιόκοσμος στην τροφική αλυσίδα, από τη βιοποικιλότητα στις εφαρμογές». Βιβλίο Περιλήψεων, 13-15  Δεκεμβρίου 2012, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, σ. 22 (προφορική παρουσίαση)

3) Bekris F., Pirintsos S. (2013). Ammonia-oxidizing microorganisms in Mediterranean terrestrial ecosystems of Crete: Plants-Microbes Interactions. High Throughput Omics & Data Integration Workshop. COST Workshops. Barcelona 13th-15 th February 2013. (poster)

4) Μπεκρής Φ., Πανόπουλος Ν., Πυρίντσος Σ. (2013). Γενετική ποικιλότητα των νιτροδωποιητικών μικροοργανισμών και βλάστηση σε χερσαία οικοσυστήματα της Κρήτης. 13˚ Πανελλήνιο Επιστημονικό Συνέδριο της Ελληνικής Βοτανικής Εταιρείας «Το πράσινο της ελπίδας: Η βοτανική σήμερα, θεωρία και πράξη». Κέντρο Διάδοσης Ερευνητικών Αποτελεσμάτων, Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης Βιβλίο Περιλήψεων, Θεσσαλονίκη 3-6 Οκτωβρίου σ. 107 (προφορική ανακοίνωση)

5) Μπεκρής Φ., Tom L., Piceno Y., Πανόπουλος N., Andersen G., Πυρίντσος Σ. (2015). Εδαφική βακτηριακή ποικιλότητα και βλάστηση σε Μεσογειακά οικοσυστήματα της Κρήτης. 6ο Πανελλήνιο Συνέδριο της Επιστημονικής Εταιρείας ΜΙΚΡΟΒΙΟΚΟΣΜΟΣ «Μικροβιόκοσμος: Νέοι Ορίζοντες στον Μικρόκοσμο». Βιβλίο Περιλήψεων, Αθήνα 3-5 Απριλίου 2015, Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών, σελ. 11 (προφορική ανακοίνωση)

6) Bekris F., Georgescu L., Bariotakis M., Panopoulos N., Pirintsos S. (2015). Plant families of the dominant woody species and partially the soil parameters explain the genetic diversity patterns of soil ammonia oxidizing microorganisms (AOM) in pastoral landscapes of the Mediterranean island of Crete. Biology and Fertility of Soils. (submitted)